学园都市是面积占据东京都西部的三分之一的都市，居住着230万人口，其中八成（180万）以上是学生，拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level0）、低能力者（Level1）、异能力者（Level2）、强能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为Level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
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某夜
“垃圾！给我死啊啊啊啊！”
在某个学区宿舍的三楼，拥有一间与众不同的房间。
不是说多么华丽，而是――
到处积满了灰尘，恐怕也只有正中间的沙发稍微干净一些，也许是因为主人经常睡在上面的原因。
这个如同废弃仓库的房间，一个少年蜷缩在地上。
少年一头白色的碎发，禁闭着双眼，双手死死按着太阳穴――此时看起来很痛苦，事实上也正是这样，少年似乎是在做恶梦？
“本大爷可是NO.1啊！你个杂碎！我怎么可能输给你这个杂碎啊啊！”
不，恐怕不是噩梦的原因，因为再恐怖的噩梦，也不会让一个LV5――整个学园都市，甚至整个世界最强的超能力者――一方通行无力控制自己的能力，甚至无力维持【反射】
证据就是被突如其来的力量肆虐后的房间，以及被玻璃划伤的一方通行。
要知道一方通行能力：矢量操纵，可以操作一切“有方向”的存在，为了保护自己，几乎24小时在自身加持【反射】能力，即使毫无防备的情况下是穿甲弹也打不穿的，此时却被区区一块碎玻璃划伤？
这是不可能的事情！
“死吧死吧死吧！呃吼吼！渣滓，惹到我的人，只有死啊！！！”
白发少年嘴角突然咧开，露出一个崩坏的狞笑，似乎是看到猎物的野兽，折磨玩偶一般表情。
“啊哈哈哈哈！怎么样，看着自己满天飞舞的样子，是不是很有趣？啊哈哈哈！自不量力的下场啊！”
少年松开了双手，表情慢慢平静下来。
少年睁开了双眼。
那是怎样的眼睛啊！鲜红色的瞳孔即使在昏暗的房间里也闪耀着狰狞的光芒，那不应该是属于人类的眼睛吧！即使看到都会被震慑的，充满杀戮，仿佛地狱深渊才会有的存在。
“这是……咦？”
少年愣住了……
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事实上，在所有人都不知道的某夜，发生了不少奇怪诡异的事情。
某夜，学园都市NO.1突然头痛，无法使用能力。
某夜，一个端着重型狙击步枪，不，应该说是狙击炮也不为过的少女，隐蔽在大楼的顶端。
钢铁击破者（MetalEater）MX，是少女武器的名字。
改良于波斯湾战争中，号称可以从两千公尺远的距离击毁战车的对战车用狙?击枪（贝瑞塔（ьarrettM82A1）。本来，这把狙?击枪由于后坐力太强，设计者认为连发功能并不实际，因此未加入连发功能，而钢铁击破者便是将这种枪?械硬加上连发功能后的实验枪。
钢铁击破者之可怕，光后座力就可以把一些廉价的安全帽震得粉碎。
但是，身材纤细的少女却将它完全掌控在手中。
少女的学习装置经过十四天的资料输入，成功地学会演算“钢铁击破者”所释放的冲击力道，并且导引出最有效率的承受方式。
夜晚的微风吹起少女茶色的发丝，少女趴在冰冷的水泥上，没有丝毫表情。
抬手，将幽幽的绿色军用护目镜带好。
【横向风强劲……将准星往左修正二格】
少女手中的杀器，瞄准了自己的目标。
透过瞄准镜，可以看到，赫然是目前已经毫无能力的一方通行！
纤细的少年，看起来就像一把被诅咒的利刃，只要靠近，就会被杀死的利刃。
少女看着一方通行那崩坏的笑容。
还是毫无表情――根本无法表达感情。
【大楼风……从三个方向交集成漩涡，准星往右修正一格】
冰冷的枪口，狰狞的杀器，冷酷的少女对为什么堂堂NO.1的这种状态没有丝毫困扰。
或者说没有困扰这种东西。
她只是一个计划的牺牲品罢了，连人都算不上的一种牺牲品。
学园都市能力开发的终极目标是「SYSTEM－成为宛如神明意旨一般降落凡尘的人」，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在――绝对能力者（Level6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了「绝对能力者进化计划」。经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（Level6）。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为绝对能力者（Level6）。但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%――也就是「Level2」的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。最初的9802项实验在研究所内进行，而剩下的10198项实验则需要在户外进行，由于涉及到尸体处理问题，所以战场集中在学园都市的第七学区。
所以，只是一个单价18万的便宜货而已。
出生的目的，就是杀死一方通行，或者被一方通行杀死。
少女校准完毕，屏住呼吸。只要轻轻扣动扳机，穿甲弹就会以1200公里的速度飚射而出，即使是一方通行，在没有能力的前提下，只有被打成肉末的下场。
然后……
似乎有一道电光划过……
枪声……没有响……
少女也不见了……
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学园都市的某个不起眼的角落。某个少女在喃喃自语一般。
“不明干扰，实验因意外因素未能按照计划进行。御坂有些困惑的报告。”
“御坂网络中无法接收到御?10030的信号，初步判定已被不明攻击摧毁。御坂补充道。”
“依御坂10030最后发回的信号判断，受攻击类型为雷电，攻击者不明。御坂继续补充。”
“立即进行现场调查及采样，依据结果判定实验计划是否继续！”
少女匆匆前往，茶色短发，与之前的少女一模一样的服装打扮，啊，还有相同的军用护目镜。
按照某实验室内开始发出指令并随之忙碌起来
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某夜，发生了不少奇怪诡异的事情。
某夜，学园都市NO.1突然头痛，无法使用能力。
某夜，本能完美击杀一方通行的少女消失了……
某夜，不同方向的几个少年少女突然睁开睡梦的双眼，茫然看了看四周。
不约而同的叹了口气道――
“陌生的天花板啊……”
“那个是……飞艇？不，是【树状图设计者】！”
“我……是学园都市！？”
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科学……魔法……一切真的能用科学和魔法来解释吗？这个世界的脚步会被人类所窥探吗？
【树状图设计者】，可以精确到每一个分子的运算工具，名义上是预测天气，事实上但实际上是用来计算研究实验的结果。
号称精确了宇宙的每一个分子，所推演的结论，就是事实。
未来发生的事实。
当然是不破坏计算前提的情况下。
现在看来……真是可笑啊！
一切推演，都是基于已知的前提下。
比如基于【排名第一的一方通行】，才推演出【绝对能力者计划】。
那么如果发生未知的事物呢？
未知，意味着根本想象不到的存在，发生了也无法解释的存在。
区区人类难道能知道宇宙的一切吗？
你所不知道的事，你所想象不到的事，并不是没有发生，而是发生在较远的地方罢了。
